（一）微生物所的现状
微生物所成立于1979年，集微生物资源收集、整理、保护（保藏）、（基础与应用基础）研究及开发利用为一体。成立初期为云南省科委直属科研单位，由云南大学负责管理；1989年，云南省政府办公厅发文明确由云南大学对微生物所实行包括党、政、业务的全面管理，省科委负责微生物所的宏观指导和监督；1997年6月，省编委发文将微生物所机构、编制与人员划归云南大学管理；2009年9月，省财政厅、省科技厅发文将微生物所经费预算与财务关系划转云南大学。由此微生物所全面纳入云南大学管理，成为云南大学生命科学院下属教学科研机构，至2016年6月，微生物所所长由生命科学院院兼任。2016年7月，云南大学校长办公会议决定，由微生物所遴选出的唐蜀昆老师任微生物所所长。目前，微生物所仍保留独立法人和独立财务资格。
现有在职职工28人，其中正高5人（17.9%）、副高10人（35.7%）、中职11人（39.3%）、其他职称2人（7.1%）。全所职工中17人具有博士学位（60.7%），博导2人（7.1%）、硕导11人（39.3%），云南省中青年学术与技术带头人5名（17.9%）。
微生物所建有3个平台（微生物生态与系统学研究平台、微生物代谢产物提取与评价平台、药用植物微生物转化平台）5个研究方向（微生物多样性与生态学、微生物系统学与进化、微生物代谢产物化学与代谢组学、微生物功能基因组学、微生物资源开发与利用）。拥有云南省教育厅“云南省高校放线菌资源与利用重点实验室”，云南省科技厅 “云南省放线菌资源与利用创新团队”及“特殊生境微生物资源开发与利用国际联合研究中心”。是“省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室”、“西南微生物多样性教育部重点实验室”、“中国西南野生生物种质资源库微生物库”和云南大学微生物学国家级重点学科的重要参建单位。是WFCC认可的微生物保藏机构。
多年来，主持完成NSFC-云南联合基金重点项目、国际合作重点项目、“973”子课题、“973”计划前期、“863”子课题、科技部国际合作专项、科技部科技支撑计划、教育部科学技术研究重点项目、“国家重大新药创制”科技重大专项子课题、科技部科技人员服务企业行动计划项目、美国国际研究和教育伙伴计划腾冲项目、国家自然科学基金等项目200余项。
多年来，发表SCI论文600余篇，一直以来是云南大学的科研成果贡献最多的机构之一，出版专著10余部，获授权专利50余项，转化科技成果10余项。
（二） 科研优势
1、 微生物资源，尤其是放线菌资源
我所微生物资源学与系统学研究跻身世界先进行列，放线菌资源学研究处于国际领先水平。
（1）先进的研究平台
微生物所拥有近2000万的主要用于微生物分类鉴定的科研仪器设备；是国内最早建立完整微生物分类鉴定的技术与方法的科研机构之一。
（2）高影响力论文及学者
2篇论文入选ESI 全球1%，2名教师2014-1016连续三年入选全球高被引学者；1人荣获世界微生物分类学领域的最高荣誉斯克尔曼分类学奖（国内首次）。
（3）高影响力科研奖励和专著
三次获得云南省自然科学一等奖（1999，2004，2008）；参编国际原核生物分类学经典专著《伯杰氏系统细菌学手册（第二版）》国内学者人数最多的科研机构（占国内参编人数的4/8）。
（4）连续多年发表新物种最多的科研机构之一
30多年来，微生物所发现、命名并有效发表微生物新纲1个、新目2个、新亚目3个、新科9个、新属42个、新种360多个。多年来一直是国际上发表微生物新物种数量最多的科研机构之一。
2001－2010年IJSEM 发表放线菌新物种情况统计
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国际
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我国
|
本所
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本所/国内
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本所/国际
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新科
新属
新种
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15
102
860
|
8
20
189
|
8
16
83
|
100%
80％
43.9%
|
53.3%
15.7 %
9.7 %
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（5）是国内收集保藏放线菌物种资源最多的科研机构之一
收集保藏了微生物菌种资源3万余株（放线菌菌种资源2万余株），次生代谢产物的提取物2万余份。其中，农药活性菌近2000株：抗病菌1000多株、杀虫菌400多株、杀草菌200多株；医药活性菌1400多株：抗肿瘤菌近1000株、NO合成酶抑制活性菌10多株、乙酰胆碱抑制活性菌10多株、抗氧化物质活性菌100多株、大环聚酮类化合物产生菌近400株；分离到纯化合物250余个，其中70余个新化合物。
2、微生物资源的应用基础研究
微生物所一直注重应用基础研究和科技成果转化，积极服务云南社会和经济建设。万象义等有关竹红菌素的研究，首先实现了竹红菌素在食品、医药等领域广泛使用；虫草粉产品获得国家保健食品批文，年均销售额100万元；福贝菌已获得生产许可，并在多个领域推广实施；与云南神宇新能源公司合作生产小桐子生物饲料和生物菌肥； “无霉火腿发酵制作”成功转让，并获国家发明奖、北京国际发明展览会金奖、中国专利技术博览会金奖、中国专利十年成就展金奖；“一种提高灯盏花素含量的灯盏花栽培方法”2016年以20万转让给云南易思高生物科技有限公司。
目前，已与大益集团共建研发中心；与香格里拉东旺生物技术有限公司合作完成虫草产品开发，并上市销售；依托藻井泉香公司共建红球藻专家工作站已获批；是云南省特色调味品(腐乳)产业技术创新战略联盟成员单位和顾问专家。
